男性小便疼痛的原因常见于病菌感染、外力损伤。

个体自身免疫差、性器官清洗不及时导致大肠杆菌等病菌滋生感染，小便时尿液对尿道黏膜的炎性刺激引起疼痛感觉。对性器官摩擦刺激较大的手淫性行为导致阴茎、尿道损伤，尿液对损伤创面的刺激也可引发疼痛感觉。

过多量进食辣椒、大量饮酒等导致尿道内黏膜过度充血，小便时尿液刺激也可引发疼痛。泌尿系结石对尿道的损伤也可引起疼痛，还可伴随血尿、疼痛等症状。通过尿液化验、彩超等检查可明确小便痛的确切病因。