虽然大多数儿童轮状病毒感染的病程是自限的，但轮状病毒是全身性感染，对患者的伤害是很严重的。

1.呼吸系统损害：20%的儿童只有上呼吸道感染而没有腹泻，可能的机制与酸中毒有关。

2.中枢神经系统损害：包括抽搐、脑膜炎、格林-巴利综合征等，中枢神经系统也可引起新生儿呼吸暂停。

3.消化器官损害：轮状病毒感染可引起坏死性肠炎、肠套叠、肝损害等，也有研究表明可能与先天性胆道闭锁有关，部分患者的胆管组织中已发现轮状病毒抗原。