肛门乳头瘤一般不会自愈。

肛门乳头瘤一般是由于各种因素导致的肛管损伤，其中包括肛管外伤以及慢性炎症等情况，进行长期或强烈刺激而导致的肛乳头肿大。一般情况下伴有肛乳头结构的明显改变，在通过抗感染以及消炎等治疗下，肿大的肛乳头可能会缩小。但大多数情况下，经过抗感染和抗炎治疗后，仍需要进行手术切除，以达到治疗的效果。

需要注意，短期急性炎症或肛管外伤导致的肛乳头肥大，引起的肛乳头瘤，有一定的机会使其缩小至不影响正常生活。