肿瘤标志物是不能够判断囊肿的性质的。肿瘤标志物是指特征性地存在于恶性肿瘤细胞中，或是恶性肿瘤细胞的代谢产物。

而囊肿为生长于身体某一器官的包块，其性质都为良性，也并不需要肿瘤标志物来判断其良恶性。肿瘤标志物可分为多种类型，例如糖蛋白类、激素类、酶类等。

每种肿瘤标志物都有其不同的临床意义，例如甲胎蛋白主要反映肝癌的发生，乳腺癌的患者血清内CA15-3、CEA等指标会升高。但是肿瘤标志物升高，并不能够确诊癌症，还需要进一步的病理学检测。