小儿健脾丸和启脾丸虽然功能比较相似，但是还是有很大区别的。首先，虽然都是中成药，用于小儿的脾虚、消化不良、食纳停滞，但是它们的组方有很大的不同。

启脾丸是四君子汤加减配合一些理气的中药，所以有一些健脾和胃的功能。健脾丸是保和丸的姊妹方，作用主要是健胃消食。

所以，治疗的侧重不太相同，一个是健脾和胃，另一个是健脾消食。要根据医生的辨证施治来用药，效果会更明显。