扁桃体炎发烧40度是很严重的，需要尽快进行退烧处理，可以在医生的指导下服用退烧的药物，比如布洛芬等。患者扁桃体发炎导致了发烧，且体温高达40度，不仅需要服用退烧药物，同时也需要使用消炎药等药物进行治疗。

患者在服用药物退烧的时候，也可以配合物理降温来加快病情的恢复，可以使用温水擦拭身体来降温，也可以使用稀释的酒精擦拭，效果是相同的。

发烧期间患者需要定时测量体温，可以每隔两小时测量一次，以便于观察病情的发展，发烧期间也需要多补充水分，以免引起脱水加重了病情。