对于新冠病毒的患者进行肛拭子的检测意义在于对于隔离点或者已确诊的人群，或者密切接触的人群、重点人群，同时采集肛拭子和咽拭子，肛拭子是对咽拭子的一种补充。增加肛拭子的核算检测能够提高感染者的检出率，减少漏诊率。

通过一些研究发现，一部分感染者粪便或者肛拭子核酸阳性的持续时间要比上呼吸道采集咽拭子持续时间更长。尤其对于一些无症状感染者或者轻度感染者来讲，感染后病情恢复很快，可能在三天到五天咽部的核酸就采集不到阳性的结果，但是检测肛拭子仍然有可能发现一些假阴性的人群。