早上不烧下午低烧的原因，可以分为感染性发烧以及非感染性发烧。

大多数情况下，发烧都是因为感染性因素引起，而病原体比较多，例如病毒、细菌、支原体、衣原体、真菌、寄生虫、螺旋体、立克次体等。当受到病原体侵入后，就有可能会引起感染性疾病，导致机体出现炎症反应引起发热。

而非感染性疾病，很有可能是因为吸收热导致，主要就是因为组织蛋白分解，或者是组织坏死等原因引起的发热。另外，也有可能是因为中枢性发热，或者是自身免疫性疾病所导致。