纤维结肠镜能够为结直肠的检查提供良好的视野，可以检查全结肠及末端回肠。检查前需要注意进行传染病检查，充分的肠道准备，比如通常口服硫酸镁、聚乙二醇电解质散剂或者番泻叶以清理肠道，这样有利于在术中对于肠道的病变有更清晰的了解。另外在没有充分肠道准备的情况下，通常是不可使用电凝，因为肠道内的甲烷及氢气有可能会导致爆炸的危险。另外需要注意的就是对于严重心肺功能不全、严重高血压、心脑血管血供不足、心律失常、腹膜炎、中毒性急性消化道炎症、疑似肠穿孔、急性消化道大出血、肠道积血过多妨碍观察、近期盆腹腔手术史或者放疗史、手术炎症导致肠粘连者、肠道狭窄者不能勉强进镜，精神病患者无法配合者、妇女妊娠及月经期均为纤维结肠镜检查的禁忌症。