对于低度的恶性肿瘤，最主要的治疗办法仍然是采用积极的根治性手术切除。这也是治疗大多数早期的低度恶性肿瘤最有效的手段。

通过根治性手术切除，可以将低度恶性肿瘤进行完全切除。必要的时候还可以进行周围淋巴结的清扫手术。通过这些综合的治疗手段，可以使很多低度的恶性肿瘤获得治愈的治疗效果。

一部分低度恶性肿瘤在发生、发展的过程中，也可能出现复发和转移的情况。这个时候需要采用一些全身的治疗手段控制病情发展。比如对于低度恶性的胃肠间质瘤的病人可以采用靶向药物进行治疗。