牙根部有一层黑色的东西可能是色素沉淀、牙结石或牙菌斑、龋齿等。

1.色素沉淀。由于进食黑色食物或者含有黑色素的东西，当这些色素长时间堆积沉淀，就会在牙齿根部形成一层黑色的色素沉着的东西。

2.牙结石或牙菌斑。由于食物残渣中的蛋白质或者经过细菌分解后，会在牙齿或者牙龈上形成钙化的结石或者菌斑，这些结石或者菌斑一般会表现为黄白色或者黑色，可能还会伴有牙龈出血、牙龈肿胀等症状。

3.龋齿。当患者牙齿有空洞或者虫牙的情况，可能是食物或者其他物质会堆积在洞里，长时间会对牙齿牙龈造成腐蚀或者堆积物本身发生腐烂等，形成一种黑色的物质。