肛瘘瘘管形成脓肿，主要的处理方法还是需要通过手术进行治疗。肛瘘瘘管形成脓肿，会再次出现肛门局部的红肿和疼痛，也就是再次发生了感染的情况。

单纯地通过药物进行治疗，效果并不理想，只是以改善症状为主，只要是患者的身体条件能够耐受手术，时间上允许，建议早做手术的处理。

如果患者因为个人因素，暂时不能够进行手术治疗，可以先进行药物保守治疗，缓解局部症状。首先就是可以进行局部的中药坐浴，另外在局部可以适当地涂抹一些抗生素软膏，起到消炎的作用，还可以同时口服抗生素药物进行对症治疗。