结膜炎滴眼药水时有刺痛感可能有以下几种情况：

1.部分患者可能是对使用的眼药水存在排异或过敏反应，眼睛在点药之后会出现明显的刺痛、红肿、痒涩表现，或者症状比用药之前更加明显。建议及时停止用药，及时就医并调整用药。

2.多数眼药水有杀菌、抗炎的作用，在刚点眼的时候可能会产生轻微的疼痛等不适感，甚至会流泪，属于正常反应，随后可逐渐平复。

3.有可能是眼药水使用过程中导致药物污染。