肛门脓肿可以通过使用药物以及手术方法排出脓液。

肛门脓肿患者可以使用一些外用的药物促使脓腔以及脓液形成，例如可以外用金黄散或者外敷鱼石脂软膏，这类药有消肿止痛以及拔脓的治疗作用，可以使脓腔自行破溃而排出脓液。

但用药治疗一般是针对于肛周皮下脓肿，而对于深部的肛门脓肿需要采取手术治疗才能排除脓液，需要将脓腔切开促使脓液排出，一般选择脓腔波动最明显的地方，也就是脓腔正中，以肛门为中心呈放射状切开脓腔，切口要足够大，以保证脓液引流通畅。