龟头炎的治疗根据其导致疾病产生的病原体不同，所用的药物也不同，急性浅表性的龟头炎和糜烂性的龟头炎因选择针对格兰阳性球菌的抗生素，比如丁胺卡那霉素、庆大霉素等。

对于滴虫性龟头炎，可以首选甲硝唑治疗，对于白色念珠菌感染所导致的龟头炎，其治疗一般是应用曲骨霉素或伊曲康唑。

此外还可以应用一些药物来外部治疗，如利用1:5000的高锰酸钾溶液，来清洗龟头及包皮内侧，3%的硼酸水或碳酸氢钠溶液，均可用于龟头炎的局部清洗。治疗期间饮食清淡，避免食用一些辛辣刺激性的食物。