原发性舍格伦综合征和继发性的区别，主要是在于原发性者往往仅有口干、眼干等干燥综合征的特异性表现。

而继发性者往往会伴有其他自身免疫疾病的一些特征性表现，比如有可能出现关节的畸形、疼痛、肿胀。伴有系统性红斑狼疮者可出现脱发、溃疡以及多脏器受损害的表现，比如中枢神经系统以及肾脏病变等。

继发于系统性硬化症者，患者可出现典型的皮肤表现，比如皮肤的硬化、纤维化以及出现肺动脉高压，或者出现胃食管粘膜的病变等。所以二者有区别。