先天性肌性斜颈和先天性髋关节发育不良，主要的区别在于以下几点：

首先，这两种疾病的发生部位是完全不同的。先天性肌性斜颈其发病的部位是颈部，其受累的组织是某一条胸锁乳突肌，当胸锁乳突肌受到损伤之后，就会导致挛缩、变硬、变短，从而引发先天性肌性斜颈。而先天性髋关节发育不良所侵犯的部位是髋关节。

其次，两种损伤的原因是完全不同的。肌性斜颈所导致的损伤因素，大多是子宫内的发育问题或者是在分娩时所受的产伤。而先天性髋关节发育不良，主要是在出生之后，髋关节发育滞后或者是股骨头发育滞后，而引发的髋关节发育不良。