肛瘘的治愈率大约在80%左右，低位单纯性肛瘘容易治愈，治愈率要高于80%，高位复杂性肛瘘容易复发，复发率在30%以上。

肛瘘一旦形成，应尽早手术治疗，手术效果如何直接关系到肛瘘的治愈率和复发率。肛瘘由内口、瘘管和外口三部分组成，根据位置高低分为高位肛瘘和低位肛瘘，根据性质分为单纯性肛瘘和复杂性肛瘘。为彻底治愈肛瘘 ，手术中要正确找到内口，将内外口彻底敞开，切开并暴露瘘管瘢痕组织，并使创面引流通畅，术后按时换药，防止假愈合。

肛瘘是感染性疾病，容易反复发作，尤其高位复杂性肛瘘容易复发，复发后要找出具体原因对症治疗，才能彻底根治。