胚胎停育后治疗的原则主要是及时终止妊娠。

胚胎停育发生后大部分患者可能有阴道出血的症状，停止发育的孕囊会随着阴道出血而自然排出，称为自然流产，做到定期复查，确定没有残留及感染时无需处理。也有的孕囊在排出的过程中堵塞宫颈口，从而影响子宫收缩，导致大出血，甚至失血性休克。这种情况属于不全流产，需要及时行清宫术清除残留组织。

但是也有的孕囊停止发育后滞留在宫腔内，时间长容易导致胎盘组织机化，与子宫壁紧密粘连，或者影响孕妇的凝血功能。需要完善检查后给予雌激素或者米非司酮等药物治疗，或者纠正凝血功能后，及时行清宫术。