传染性单核细胞增多症是有后遗症的。

大部分传染性单核细胞增多症为隐性发病，社会上普通成年人群感染EB病毒概率大于90%，但出现典型症状的人群不超过10%。此类疾病预后相对较好，但是部分敏感人群或者存在于免疫缺陷人群，可以出现重症感染以及多器官侵袭症状，从而存在遗留后遗症或者死亡可能。

在重症感染人群中，患者可以出现神经系统病变、肝脏病变、合并其他病原微生物感染等症状。患者可在治疗结束后遗留神经系统疾病后遗症、肝功能损伤后遗症等情况。