恶性青光眼主要是由于先天性的解剖学异常，比如小角膜、小眼球、眼轴过短、晶状体较厚、睫状环小等因素导致的。

上述因素主要会导致眼睛前段的结构比较拥挤，从而导致房水引流的方向错位，都逆向的流向眼睛后段。而房水不断后流之后，就会造成玻璃体向前挤压，这个时候前房的结构就更加窄了，从而导致出现前房过浅，或者消失的现象。因此，造成患者的眼压持续性升高不降。

恶性青光眼常常好发于青光眼滤过性手术之后，多表现为眼压高、前房消失。