肠瘘的常见原因有手术、创伤、腹腔感染、恶性肿瘤、放射线损伤、化疗以及肠道炎症与感染性疾病等方面。临床上肠外瘘主要发生在腹部手术后，是术后发生的一种严重并发症，主要的病因是术后患者低蛋白血症、腹腔感染、吻合口裂开、肠管血运不良造成吻合口瘘、小肠炎症、结核、肠道憩室症、恶性肿瘤以及外伤伤道感染，腹膜炎症、脓肿也可直接穿破肠壁而引起肠瘘。

有些为炎性肠病本身的并发症，如克罗恩病引起的内瘘或外瘘。根据临床资料分析，肠瘘中以继发于腹腔脓肿、感染和手术后肠瘘最为多见，肠内瘘常见于恶性肿瘤，放射治疗和化疗也可导致肠瘘，比较少见。