眼眶囊肿按照致病原因可以分为外伤性、手术源性、炎症性和特发性眼眶囊肿等等，比较常见的有表皮样囊肿、粘液囊肿、畸胎瘤、寄生虫性囊肿等等。

眼眶表皮囊肿的真正病因不完全清楚，多数与骨质密切相关。可能是胚胎发育期，表面上皮的残余物陷入骨缝引起。

粘液囊肿是因为眼眶周围鼻窦长期慢性炎症、外伤、新生物阻塞或压迫排出管道使分泌物潴留所导致的，滞留分泌物所产生的压力逐渐导致眼眶壁向内凸起，而使眼球突出。