月经完后晨起腰痛，可能的原因主要有以下几点：

1.考虑是受风着凉引起。若月经期间经常吃生冷、寒凉的食物或者用凉水洗澡，可能会导致寒气入侵，因此比较容易出现晨起腰痛症状。

2.晨起腰痛可能跟气血亏虚、肾阴虚、肾阳虚等各种因素有关。月经结束后流血过多，可能会出现气血虚弱症状。

3.部分女性腰痛还有可能跟腰部疾病有关，比如出现腰肌劳损、腰椎间盘突出等各种疾病后，也有可能会产生腰疼症状。需要及时就医，进行腰部CT检查，对症治疗。