引起呼吸性酸中毒的病因有很多。首先有呼吸道的疾病，另外，周身的其他疾病也有可能导致继发性呼吸性酸中毒。对于呼吸系统的疾病，例如患者出现了急性呼吸窘迫综合征、急性肺水肿、严重的支气管炎、严重的哮喘，这些情况都可能导致呼吸性酸中毒。

另外，慢性阻塞性肺疾病、肺纤维化等也会有此症状。如果患者出现了气道梗阻，例如急性气管异物引起了咽部的急性痉挛，也会有此情况。

继发的疾病，例如患者出现了其他神经系统的改变，例如患者有重症肌无力、周期性瘫痪、多发的硬化症，或者二氧化碳等吸入过多。颅脑的疾病，脑膜炎或者胸壁的疾病，重症肌无力、脊髓灰质炎也会导致出现呼吸性酸中毒。