短膜壳绦虫病的最重要特点为机会性发病倾向。大部分感染人群一般不出现典型临床症状，但可在各种原因所导致免疫能力下降时发病。

在急性发病时，常见于消化道症状、神经系统症状、过敏症状等情况。在消化道症状方面，患者可表现出腹痛、腹泻、便血等临床表现。如病程较长，患者可因营养吸收障碍以及肠道慢性失血，而出现贫血症状。

如寄生虫寄生于大脑，可导致神经系统症状，患者可出现意识障碍、神经系统病理征等，严重者可导致死亡。