慢性肠炎病程一般在两个月以上，临床常见的有慢性细菌性痢疾、慢性阿米巴痢疾、血吸虫病、非特异性溃疡性结肠炎和限局性肠炎等。临床表现为长期慢性、或反复发作的腹痛、腹泻及消化不良等症，重者可有黏液便或水样便。慢性肠炎经过及时适当的治疗，预后良好。病毒性肠炎一般不需病原治疗，可自愈。细菌性肠炎，最好根据细菌药物敏感试验结果选用抗菌药。阿米巴痢疾、雅尔氏鞭毛虫和滴虫引起的肠炎，可用甲硝唑（灭滴灵）治疗。血吸虫病可用吡喹酮治疗。白色念珠菌肠炎可用制霉菌素口服。