引起咽喉恶性肿瘤的原因多见于胃食管反流、病毒感染、营养不良\过量的烟、酒等因素。在某些条件下，EB病毒、人类乳头状瘤病毒都可能引起癌变，引起咽喉恶性肿瘤。

缺血性贫血可导致咽喉部粘膜变薄、细胞内糖原减少或者缺乏。咽、食管粘膜广泛萎缩，易发生咽喉恶性肿瘤。烟草焦油中的苯并芘有致癌作用。酒精不仅能刺激粘膜诱发粘膜上皮营养不良，而且能促进烟的致癌作用。

用放射线治疗颈部肿物时可致癌，引起咽喉恶性肿瘤。长期吸入有害气体，比如二氧化硫等，容易引起咽喉恶性肿瘤。