早上排出的小便有臭味，是由于以下两方面原因所导致的：

1.一般情况下，正常人的小便或常见细菌感染的小便，都是不会出现臭味的，当小便有臭味时，很可能是由于发生了泌尿系统厌氧菌感染所引起的。此时取中段尿液行厌氧菌培养即可明确诊断，需要及时选择甲硝唑注射液或者奥硝唑注射液进行抗厌氧菌治疗。

2.晨起排出的尿液在膀胱内储存的时间较长，且尿液是经过肾脏的浓缩后形成的，所以此时尿液的臭味更为明显。在药物抗厌氧菌治疗的同时，需要增加饮水量以增加排尿量，这样可以有利于疾病的治疗。