肌间静脉血栓的治疗方法如下：

如果是急性期间，可以皮下注射低分子肝素进行抗凝，然后使用尿肌酶从血栓的静脉处滴入，每分钟4000单位，持续24小时或者直到血栓溶解为止。

急性期过后，可以使用口服抗凝药物，如华法林，或者利伐沙班等。应该长期足量地进行服药，期间应该定期复查凝血功能，以及下肢静脉B超，明确血栓的情况。经过半年左右，复查没有异常，才可以停药。

肌间静脉血栓一般较小，也较少引起肺栓塞、脑梗塞等严重并发症，但是一旦发现，也应该积极进行治疗。