尿道口有小肉疙瘩，一般情况下是由于尿道口慢性炎症刺激尿道口黏膜引起，会伴随明显尿道口红肿、瘙痒症状。

尿道口存在尖锐湿疣，也会引起尿道口出现小疙瘩。通常会呈菜花状，和不洁净的性生活有关。

其次，尿道口受到外伤，或者接触到具有刺激性的物体后，会使尿道口黏膜皮下水肿、淤血。如果没有及时治疗，也会使尿道口出现小疙瘩。

建议完善尿道口超声检查、尿常规检查等，同时包括其他相关检查，明确具体的发病原因。