马蹄肾旋转异常的形成是发育过程中的异常导致。胚胎早期肾脏位于盆腔的位置，随着胚胎的发育肾脏会向上移动，最终到达正常的解剖位置，并旋转到正确的角度。首先马蹄肾旋转异常存在两个问题：

第一，发生了肾脏先天性的畸形，肾脏发生了融合表现为马蹄形肾。

第二，是肾脏畸形伴有旋转异常。考虑患者的畸形的主要原因是在胚胎发育过程中出现了有害因素的干扰，比如病毒感染、外伤、营养不良等，导致肾脏的发育出现异常。