临床上妇科囊肿的治疗需要结合囊肿的位置、大小、活动度、良恶性等综合进行考虑。如果是宫颈的纳氏囊肿，多数就不需要处理，定期观察就可以，必要时可以手术治疗并去病理，排除其它病变。

如果是卵巢的囊肿，有生理性的和病理性的。生理性的囊肿可以月经干净后去复查，一般都会自行消失。如果是病理性的，需要看囊肿的大小，如果超过5cm，可以考虑腹腔镜下的囊肿剥除术。

如果是绝经以后出现的囊肿，可以考虑同时行患侧卵巢、输卵管的切除。