灌肠在临床上，一般都是用于治疗疾病，比如慢性的结肠炎、溃疡性结肠炎可以通过药物灌肠，直接作用于溃疡的地方，起到治疗的作用。还有一些妇科的炎症，男性的前列腺炎等，也可以通过灌肠治疗。

灌肠的操作药物大多都是在无菌的条件下进行的，不建议自行灌肠，因为自己灌肠：

第一，有可能在灌肠的过程中损伤肛管以及直肠的黏膜，造成出血。

第二，如果灌肠的药物达不到无菌，会将细菌带入到直肠内，造成局部或者全身的一些感染症状。