同性肛交会导致性传播疾病，是艾滋病的常见的传播方式之一。并且肛交这种性行为，比较容易导致肛管、直肠部位损伤，粪便容易污染损伤的创面，所导致常规感染的概率增加，比较容易发生肛周炎、肛周脓肿，窦道、瘘管等肛肠类的疾病。

为了防止性病感染，也是为了避免肛周感染性疾病的发生，最好是停止肛交的性行为。并且积极纠正性取向，最好是安排阴茎和阴道之间的性行为。为了避免双方性器官感染性疾病发生的概率，最好是在性过程当中全程戴上避孕套以进行阻隔保护。

此外，在发生性行为时，要注意清洁和卫生。