自然流产没有流干净，需要根据残留物的大小决定处理方法。如果残留物比较小，可以在医生的指导下口服一些活血化瘀类的药物促进残留物排出。

如果宫腔内残留物比较多，或者是通过服用药物后，残留物没能及时排出来，需要尽快进行清宫处理，以免长时间的不进行清理，引起继发性宫腔感染，严重的时候还可能会导致附件炎症，甚至是感染性休克，对以后的怀孕也有可能会造成影响。

在进行清宫手术后，必要时可以进行抗生素治疗，清宫手术后需要定期检查子宫恢复情况。