确诊阴茎肉粒需要就诊到临床，专业查看肉粒的外观性状，结合不洁性生活史，需要做醋白试验鉴别检查。必要的时候，需要取标本送病理检查，结合病史、体格检查以及实验室数据即可确切诊断阴茎肉粒。

由于生理性变异导致的皮脂腺异位症或者是珍珠疹，可以不需要治疗，但是个体有强烈意愿将肉粒外观处理掉，也可以选择激光或是冷冻的方式进行治疗。

明确诊断是人乳头瘤病毒所导致的尖锐湿疣，在激光或者是冷冻治疗后，还需要给以抗病毒药物进行服用，这样才能够降低复发概率。