脑部软化灶，特别是大面积的关键部位的软化灶，有可能会导致后遗症，有一些神经功能损害的现象发生。

比如患者软发灶位于运动功能区，这种情况下有可能会导致手脚活动受影响，会有偏瘫的后遗症。另外，大面积的脑部软化灶，也有可能会影响人们的认知功能，出现记忆功能下降，或者影响人们的理解能力、计算能力以及思维能力，会有智力下降的后遗症。

甚至有些患者脑部软化灶会刺激大脑皮层，引起反复癫痫发作的后遗症。