如果是单发性或数量比较少的肝脏小囊肿，属于良性的病变，绝大多数不会引起肝脏功能异常，也不需要进行针对性的治疗，注意定期的复查和随诊即可，而且目前临床上并没有特效药能够消除肝脏囊肿。

如果肝脏小囊肿非常多，即多囊肝，是属于一种常染色体的显性遗传病，大多可伴有肝脏的多发性弥漫性损害，大多数就需要通过进行手术治疗，包括进行囊肿的穿刺、抽吸或硬化剂治疗、开窗术或规则性肝叶切除术等。

部分病情严重的患者需要进行肝移植，治疗的成败与患者的病情程度有直接关系。