因引起咳嗽的病因不同，所需要使用的雾化药物种类也有不同。

在感冒后咳嗽、咳嗽变异性哮喘、慢阻肺急性加重时，常可以使用布地奈德雾化悬液进行雾化。通过使用糖皮质激素雾化来降低气道敏感度，是有利于控制其咳嗽症状。部分急性扁桃体炎引起咳嗽时亦可使用糖皮质激素进行雾化。

在哮喘、慢阻肺急性加重时，还可以联合支气管扩张剂进行雾化，例如沙丁胺醇雾化液、特布他林雾化液等。如果患者因痰液黏稠难以咳出诱发咳嗽，还可以使用乙酰半胱氨酸雾化液使痰液更容易咳出。

部分下呼吸道感染的患者，可用抗菌药物进行雾化。例如部分气管-支气管曲霉菌感染的患者，可用两性霉素B进行雾化。少数下呼吸道革兰氏阴性杆菌感染的患者，可用阿米卡星进行雾化。但要注意，抗菌药物的雾化治疗临床上并不常用。