临床上胆肠炎最常见的症状为腹部的疼痛，以右上腹为主，疼痛可放射至右肩背部。由于胆肠炎会造成胆汁的分泌、排泄异常，而胆汁在蛋白质、脂肪、糖类的消化吸收中具有重要作用，因此，大部分患者可出现胃肠道的症状，如食欲不振、腹胀、恶心、呕吐、纳差等表现。

长期的胆肠炎患者，可因胃肠道吸收不能障碍，造成贫血、消瘦等。部分炎症感染较重的患者可出现畏寒、发热、头晕、乏力、肢体酸痛等体征。如胆囊炎进一步加重，造成胆囊坏疽或穿孔，可产生急性腹膜炎，造成疼痛加重、全腹肌紧张、休克，如心率变快、血压下降、脉搏细促，部分患者可出现神志淡漠、谵妄、昏迷等。