阴茎疱疹通常需要在医生指导下应用抗病毒类的药物，例如阿昔洛韦或者利巴韦林，同时搭配抗真菌的药物治疗。

因为大部分阴茎疱疹都是由于阴茎皮肤受病毒感染所引起的，同时和不洁净的性生活或者平时所处的环境卫生差有关。如果阴茎疱疹症状严重，例如引起了阴茎剧烈疼痛和肿胀，则需要运用激光祛除。当疱疹数目较少时，还可以用电刀切除。

在恢复与治疗期间，要避免抓挠疱疹，否则会引起疱疹破裂诱发皮肤感染，不利于疱疹恢复。