男性生殖系统真菌感染可以在医生指导下服用抗真菌的药物进行治疗，也可以服用一些抗菌、止痒的药物缓解症状，同时配合外用软膏对真菌感染有一定的效果。

1.抗真菌药物。男性生殖系统真菌感染以后会出现瘙痒、疼痛以及脱皮等症状，不及时治疗还会引起糜烂溃疡的症状，可以口服伊曲康唑、泊沙康唑等抗真菌药物，能抑制真菌细胞生长，使真菌细胞破裂死亡。

2.抗菌药物。生殖系统出现真菌感染要做好消毒杀菌作用，可以口服抗菌的药物，比如阿莫西林、头孢克肟等，防止出现感染使病情加重。

3.止痒药物。如果局部瘙痒症状比较严重，可以配合口服止痒的药物改善，如依巴斯汀、氯雷他定。

4.外用软膏。出现真菌感染可以外用特比萘芬软膏、克霉唑软膏等，可以促进病情尽快恢复。