治疗肺结核越来越严重时要分析原因，首先要排外有无耐药的结核分枝杆菌感染。患者需要进一步行痰培养或者是支气管镜的肺泡灌洗液培养，做菌种鉴定以及药敏试验。如果有耐药的结核杆菌存在，此时还需要根据药敏试验选择多种二线的抗结核药物联合规范治疗。少数患者还有可能是非结核分枝杆菌感染，亦需要根据药敏结果用药。

此外，部分患者有可能在抗结合过程中发生了类赫氏反应，即抗结核治疗过程中诱发机体产生了变态反应。患者此时仍需要继续使用抗结核药物治疗，一般半个月到1个月可以逐渐的恢复，严重者在抗结核同时可使用短程、适量糖皮质激素的治疗。

另外，要加强支持对症处理，防治相应的并发症。例如继发结核性胸腔积液时予以胸腔闭式引流，如果发现肺外结核亦需要抗结核治疗的同时，加强局部病灶的处理。