新冠病毒核酸检测频发假阴性时，首先要了解存在此种现象的原因，并针对性的予以相应处理。其次，如果有流行病学史的人员，即便核酸检测阴性，也需要常规的予以隔离两周，观察其有无相应的临床表现，并根据情况予以多次的复查核酸检测，观察有无阳性结果。

同时还可以联合血液的新型冠状病毒特异性IgM和IgG抗体检查，以提高其准确率、避免漏诊。当核酸检测和特异性的抗体检测均为阴性，则提示无新型冠状病毒感染。如果核酸检测阴性，其抗体检测为阳性，特别是IgM抗体阳性，需要隔离的观察和治疗。