肛门疣会导致疼痛症状，肛门疣有些质地偏脆，触碰后容易破溃出血，甚至会导致局部出现感染而引发糜烂，所以会引起疼痛症状。

除了疼痛症状，肛门疣还会导致肛门异物感，肛门局部也会出现渗出增多，引发肛门周围潮湿以及瘙痒症状。而且有些肛门疣质地偏脆，触碰后容易出血，也会导致肛门周围出血症状。

一些肛门疣还会波及到直肠内，而引发直肠内疣，患者就会表现为排便时肛门疼痛、便血，频繁产生排便刺激，以及里急后重等等症状。