首先，CT和彩超两种检查设备的成像原理不同。CT是密度成像，不同组织的密度不同，则显示不同。彩超是超声波成像。

比如肾结石的诊断，有一部分的肾结石在CT下是看不到的，称为阴性肾结石。但是，在超声检查下可见到结石和后方声影。另外，CT检查是断层影像，彩超是检查者通过自己的手法，看到的扇面区的图像。

两种检查方式的检查器官也有所不同，CT能做全身各处的检查，而超声检查对颅内病变、骨关节等检查，利用度不高。