深呼吸的时候如果感觉到喉咙疼痛，可能与下列因素有关：

1.患者患有急性咽喉炎或急性扁桃体炎，喉咙部位有充血肿胀的表现，在深呼吸的时候由于咽喉部位的动作会牵拉到充血肿胀的黏膜，引发疼痛感。

2.患者患有疱疹性咽峡炎或手足口病，咽喉的部位有水泡样的疱疹形成，在深呼吸的时候可能会造成疱疹破裂、疼痛。

3.患者患有胃食管反流性疾病，由于胃酸的反流对咽喉黏膜造成了腐蚀，因此在深呼吸或者是吞咽食物的时候会牵拉到被腐蚀的咽喉黏膜，产生疼痛感。