儿童长期晨起咳嗽的原因主要有以下几种：

1.由于儿童抵抗力比较差，晨起时气温比较低，容易受到冷空气刺激从而引起咳嗽的症状。

2.由于儿童存在慢性呼吸道炎症，如慢性咽喉炎、慢性扁桃体炎、慢性鼻炎等，可以造成呼吸道黏膜高反应性，往往在晨起时会有咳嗽的症状。

3.儿童晨起咳嗽可能与过敏因素有关，如植物花粉、螨虫等可以导致过敏性咳嗽，或咳嗽变异性哮喘。

4.鼻后滴漏综合征引起。由于鼻腔疾病引起鼻涕从咽喉部流出，可以刺激呼吸道从而引起咳嗽的症状。