阴茎疼可能是隐睾这个病导致的，因为隐睾指的是睾丸未下降到阴囊处，其中包括了睾丸下降不全还有睾丸异位等。

一旦隐睾发生炎症或者癌变，就可能挤压周围的组织器官包括阴茎，导致疼痛不适。所以隐睾有可能导致阴茎疼痛。隐睾还可能会导致不育症，这可早期通过外科手术将睾丸固定在阴囊上，可降低丧失生育能力的风险。出生时睾丸未降的儿童还有患睾丸癌的风险。

睾丸肿瘤的相对风险受睾丸未降位置的影响。疝气也可能是隐睾所导致的，一般患者中90％的未降睾丸具有合并疝气，临床意义在于它可以影响激素治疗对隐睾症的作用。